세무조사는 언제 오고 무엇을 보나

“우리 회사도 조사 대상이 될까요?”

「국세기본법」은 조사 대상을 정하는 방법을 법에 적어 두었습니다. 임의로 고르는 것이 아니라 제81조의6이 정한 틀 안에서 선정됩니다. 그 틀을 알면 준비할 것과 준비하지 않아도 될 것이 갈립니다.

1. 정기선정 — 세 가지 경로

제81조의6 제2항입니다. 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위해 대상을 선정하는 경우이고, 객관적 기준에 따라 공정하게 선정해야 한다는 의무가 붙어 있습니다.

1호. 성실도 분석 결과 불성실 혐의

국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

외부감사 의견이 성실도 분석에 들어간다는 점이 눈에 띕니다. 감사의견이 적정이 아닌 경우 이 경로의 신호가 됩니다.

2호. 4과세기간 이상 조사를 받지 않은 경우

최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 … 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

가장 많이 인용되는 조항입니다. 오래 조사를 받지 않았다는 사실 자체가 선정 사유가 됩니다. 다만 4년이 지나면 반드시 온다는 뜻은 아니고, 업종·규모 등을 함께 고려합니다.

3호. 무작위 표본조사

무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

이유가 없어도 뽑힐 수 있습니다.

2. 비정기 — 다섯 가지 사유

제81조의6 제3항입니다. 정기선정과 무관하게 조사할 수 있는 경우입니다.

1. 납세협력의무 불이행 — 신고, 성실신고확인서 제출, 세금계산서·계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등을 이행하지 않은 경우
2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
5. 세무공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우

1호에 성실신고확인서가 명시되어 있는 점을 눈여겨보셔야 합니다. 성실신고확인 대상인데 제출하지 않으면 그 자체가 조사 사유입니다.

3호의 제보는 통제할 수 없는 변수입니다. 퇴사한 직원이나 거래처와의 분쟁이 이 경로로 이어지는 경우가 실제로 있습니다. 평소의 증빙 관리가 유일한 대비입니다.

3. 조사를 받지 않을 수 있는 경우

제81조의6 제5항입니다.

세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자
2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자

두 요건을 모두 갖춰야 하고, 면제되는 것은 정기선정 조사입니다. 비정기 사유가 있으면 그대로 조사할 수 있습니다.

시행령 제63조의5가 기준을 정합니다. 1호의 수입금액은 개인은 간편장부대상자, 법인은 수입금액 3억원 이하입니다. 2호의 장부 요건은 복식부기 장부, 신용카드·현금영수증가맹점 가입과 발급 의무 준수, 전자(세금)계산서 발급, 최근 3년 조세범 처벌 없음, 체납 없음 등을 모두 갖추는 것입니다.

2호가 실무의 핵심입니다. 규모가 작다고 자동으로 되는 것이 아니라 장부를 제대로 기록하고 있어야 합니다. 기장을 성실히 하는 것이 세금을 줄이는 일일 뿐 아니라 조사 자체를 피하는 요건이라는 뜻입니다.

4. 통지는 20일 전에 옵니다

제81조의7 제1항입니다.

세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 20일(재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일) 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

통지서에 세목·기간·사유가 적혀 있습니다. 이 세 가지가 조사의 범위를 정하므로, 통지서를 받으면 가장 먼저 확인할 것이 그것입니다.

사전통지 없이 조사를 개시하는 경우에는 제6항에 따라 세무조사통지서를 교부해야 하고, 거기에 사전통지 사항과 사전통지를 하지 않은 사유가 적힙니다.

5. 연기를 신청할 수 있습니다

제81조의7 제2항이 연기 사유를 둡니다.

1. 천재지변으로 생명·신체, 재산 또는 공급망 등에 상당한 피해가 발생한 경우
2. 납세자가 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도 또는 도산의 우려가 있는 경우
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유 — 화재·재해로 사업상 심각한 어려움, 납세자의 질병·장기출장, 장부·증거서류가 압수·영치된 경우 등 (시행령 제63조의7)

연기신청을 받으면 관할 세무관서의 장은 승인 여부를 조사 개시 전까지 통지해야 합니다(제3항).

다만 연기가 무조건 유지되는 것은 아닙니다. 제4항은 연기 사유가 소멸하거나 조세채권 확보를 위해 긴급히 개시할 필요가 있는 경우 연기 기간 만료 전에도 조사를 개시할 수 있게 합니다. 사유 소멸로 개시하는 경우에는 5일 전까지 통지해야 합니다(제5항).

6. 통지를 받고 20일 동안 할 일

첫째, 범위를 확정합니다. 통지된 세목과 기간을 벗어난 자료 요구에는 근거를 물을 수 있습니다.

둘째, 그 기간의 증빙을 정리합니다. 매출·매입 증빙, 계약서, 자금 흐름, 특수관계인 거래 명세를 대사해 둡니다. 없는 서류를 만드는 것이 아니라 있는 것을 찾아 두는 작업입니다.

셋째, 취약 지점을 먼저 파악합니다. 가지급금, 기업업무추진비 한도 초과와 증빙 미비, 특수관계인 거래의 시가가 대표적입니다. 미리 알고 설명을 준비하는 것과 현장에서 처음 듣는 것은 결과가 다릅니다.

넷째, 창구를 하나로 정합니다. 담당자를 정하고 자료 제출 이력을 기록합니다. 여러 사람이 각자 답하면 진술이 어긋납니다.

다섯째, 연기 사유가 있는지 확인합니다. 질병·장기출장, 재해, 장부 압수처럼 법령이 정한 사유가 있어야 합니다. 바쁜 결산 시기라는 것만으로는 연기 사유가 되지 않습니다.

평소에 해 둘 것

1. 같은 세목의 마지막 조사가 언제였습니까 — 4과세기간을 세어 보십시오
2. 성실신고확인 대상인데 제출을 빠뜨린 해가 없습니까
3. 외부감사를 받는다면 감사의견이 적정입니까
4. 가지급금 잔액이 늘고 있지 않습니까
5. 특수관계인 거래에 시가 근거가 남아 있습니까
6. 적격증빙 없이 처리한 비용이 쌓여 있지 않습니까
7. 장부 기록이 소규모 성실사업자 요건을 충족합니까

자주 묻는 질문

Q1. 조사 대상이 되면 반드시 추징이 있습니까?

그렇지 않습니다. 조사는 신고의 적정성을 검증하는 절차이고, 확인 후 결과통지로 끝나는 경우도 있습니다. 다만 준비 없이 맞으면 설명할 수 있었던 것도 소명하지 못한 채 넘어갑니다.

Q2. 조사 범위를 넓히는 것을 막을 수 있습니까?

「국세기본법」 제81조의9는 구체적인 탈루 혐의가 다른 과세기간·세목까지 확인되는 경우 등을 빼고는 조사 중 범위를 확대할 수 없게 하고, 확대할 때는 그 사유와 범위를 문서로 통지하게 합니다. 통지된 세목과 기간을 벗어난 요구가 있으면 근거를 확인하고 기록해 두는 것이 실무입니다.

Q3. 조사 결과에 동의할 수 없으면 어떻게 합니까?

조사 결과를 통지받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있고(제81조의15 제2항), 고지 후에는 이의신청·심사청구·심판청구를 거쳐 행정소송으로 갑니다. 각 단계마다 기한이 있으므로 통지서를 받은 날부터 날짜를 세셔야 합니다.

Q4. 세무대리인이 있으면 조사에 동석합니까?

「국세기본법」 제81조의5가 변호사·공인회계사·세무사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 권리를 보장합니다. 실무에서는 자료 제출과 소명을 세무대리인이 창구가 되어 진행하는 것이 일반적이고, 회계법인이 함께 들어가면 회계 처리의 근거를 그 자리에서 설명할 수 있습니다.

정리

세무조사의 대상 선정은 법에 적힌 틀 안에서 이루어집니다.

• 정기선정은 성실도 분석 · 4과세기간 미조사 · 무작위 표본 셋입니다
• 비정기는 납세협력의무 불이행 · 위장가공거래 혐의 · 탈세 제보 · 명백한 자료 · 금품 제공 다섯입니다
• 성실신고확인서 미제출은 그 자체가 조사 사유입니다
• 수입금액이 작고 장부 요건을 충족하면 정기선정 조사를 받지 않을 수 있습니다
• 사전통지는 조사 시작 20일 전(재조사는 7일 전)입니다
• 통지서의 세목·기간·사유가 조사의 범위입니다
• 연기신청이 가능하고, 사유 소멸 시에는 5일 전 통지 후 개시됩니다

지수회계법인 세무자문본부는 조사 통지 전에 취약 지점을 정리해 두는 사전 점검과, 통지 이후의 자료 대응·소명을 함께 진행합니다. 업무 범위는 세무자문과 세무조사 대응에 있습니다.

본 글은 2026년 10월 3일 현행 「국세기본법」 제81조의5·제81조의6·제81조의7·제81조의9·제81조의15와 같은 법 시행령 제63조의5·제63조의7을 국가법령정보센터 원문으로 확인해 작성했습니다. 실제 적용은 개별 사실관계에 따라 달라지므로 의사결정 전 개별 검토를 받으시기 바랍니다.