사업부지 안의 오래된 주택 — 시행사가 12%를 내지 않는 조건

“아파트 부지를 모으는데 단독주택이 스무 채 섞여 있습니다. 법인이라 12%라고 들었습니다.”

대표님, 원칙은 맞습니다. 법인이 주택을 유상으로 취득하면 「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호에 따라 **4%에 중과기준세율(2%)의 4배를 더한 12%**가 붙습니다. 그런데 아파트를 짓기 위해 헐 집을 사는 경우는 같은 조의 위임을 받은 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호가 중과 대상으로 보지 않습니다. 다만 이 예외는 조건부입니다. 기한 안에 헐고, 짓고, 경우에 따라 팔아야 합니다. 기한을 넘기면 12%와의 차액을 다시 냅니다.

이 글은 사업부지 매입 단계에서 이 예외를 받는 법, 지키는 법, 그리고 이미 12%로 냈다면 돌려받는 법을 순서대로 정리합니다.

1. 12%와 1~3% — 차이가 얼마인가

중과에서 빠지면 일반 주택 세율로 돌아갑니다(「지방세법」 제11조 제1항 제8호). 취득당시가액이 6억원 이하면 1%, 9억원 초과면 3%, 그 사이는 계산식으로 정합니다.

계산 예시 — 수도권 사업부지 주택 12채

한 채에 5억원씩, 합계 60억원의 단독·다가구주택을 시행법인이 매입한 경우입니다(지방교육세 등 부가 세목은 제외).

사업수지 한 줄이 통째로 바뀌는 금액입니다. 그래서 예외 요건은 토지 계약서를 쓰기 전에 맞춰 두어야 합니다.

2. 누가 받을 수 있나 — 사업자 요건

시행령 제28조의2 제8호 나목은 주택건설사업을 위하여 멸실 목적으로 주택을 취득하는 자를 여섯 가지로 한정합니다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행자
2. 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행자
3. 「주택법」에 따른 주택조합 (설립인가를 받으려는 자 포함)
4. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자
5. 공공지원민간임대주택 개발사업 시행자
6. 주택신축판매업을 영위할 목적으로 부가가치세법상 사업자등록을 한 자

일반 아파트 시행사는 대개 4번 또는 6번입니다. 취득일 현재 등록이나 사업자등록이 되어 있어야 합니다. 6번은 2021년 4월 27일 시행령 개정으로 들어온 항목이라, 그 전 취득분에는 적용되지 않는다는 심판례가 있습니다(조심 2021지2874). 법인을 세우고 업종을 등록하기 전에 잔금을 치르면 요건을 갖추지 못합니다.

3. 사업자 유형마다 기한이 다릅니다

같은 호 단서가 정당한 사유 없이 기한을 넘기면 예외에서 제외한다고 정합니다. 사업자 유형에 따라 시계가 다릅니다.

주택신축판매업으로만 사업자등록을 한 법인은 시계가 가장 짧습니다. 1년 안에 철거하지 못하면 예외가 깨집니다. 사업 규모가 크고 인허가가 길다면 「주택법」상 주택건설사업자 등록을 먼저 검토하는 것이 기한 면에서 유리합니다.

상가와 함께 짓는 단지

주택과 주택이 아닌 건축물을 함께 짓는 사업이면 「지방세법 시행규칙」 제7조의2가 예외 범위를 정합니다. 일반 주택건설사업은 신축 주택 연면적이 전체 연면적의 50% 이상이면 100% 예외이고, 50% 미만이면 주택 연면적 비율만큼만 예외입니다. 주상복합처럼 비주거 비율이 큰 사업은 설계 단계의 면적표가 세액을 정합니다.

4. 헐기만 하고 팔면 예외가 아닙니다

행정안전부는 주택건설사업자가 멸실 목적으로 취득한 주택을 멸실한 뒤 처분하거나 주택 아닌 용도로 쓰면 중과 대상이라고 회신했습니다(부동산세제과-4052, 2022. 12. 12.). 예외는 멸실 이후 주택 신축을 전제로 한 것이라는 이유입니다. 사업을 접고 철거된 부지를 다른 시행사에 넘기는 구조라면 예외가 유지되지 않을 수 있습니다.

반대로 3년 안에 직접 멸실한 사안에서는 처분청의 경정청구 거부가 잘못이라는 결정도 있습니다(조심 2024지0049). 요건 문언을 지켰다면 다툴 여지가 있다는 뜻입니다.

5. “정당한 사유”는 좁습니다

기한을 넘긴 시행사가 가장 많이 내세우는 사유는 세입자입니다. 조세심판원은 세입자가 있는 다가구주택을 임대차를 승계하며 취득한 사안에서, 명도 지연을 취득 당시 이미 알 수 있었던 사정이라고 보아 정당한 사유를 인정하지 않았습니다(조심 2025지1540). 사업부지 전체를 확보하기 전에는 철거할 수 없다는 사정을 알고 취득한 경우도 같은 결론이었습니다(조심 2025지0178).

그래서 실무에서는 다음을 계약 단계에서 정리합니다.

• 매도인 책임으로 잔금일까지 명도하는 특약
• 세입자 승계가 불가피하면, 명도 일정을 3년(또는 1년) 시계 안에 넣은 일정표
• 철거 지연이 인허가 지연 때문이라면 그 경위를 보여 주는 공문·회의록 보관

6. 기한을 넘기면 — 60일 안에 스스로 신고

중과 예외를 받은 뒤 그 주택이 중과 세율 적용 대상이 되면 「지방세법」 제20조 제2항에 따라 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 12% 세액에서 이미 낸 세액을 뺀 금액을 신고·납부해야 합니다. 스스로 신고하지 않고 지자체가 찾아내면 가산세가 함께 붙습니다. 위 심판 사안도 3년이 지난 뒤 출장조사로 적발돼 가산세를 포함해 부과됐습니다.

7. 이미 12%로 냈다면 — 경정청구

요건을 갖췄는데도 담당자 안내에 따라 12%로 신고한 경우가 적지 않습니다. 이때는 「지방세기본법」 제50조 제1항에 따라 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 차액을 돌려받을 수 있습니다. 취득세 법정신고기한은 취득일부터 60일이므로, 마감은 취득일 + 60일 + 5년입니다.

청구할 때는 다음을 붙입니다.

1. 취득일 현재의 주택건설사업자 등록증 또는 사업자등록증명
2. 사업계획(승인 전이면 사업 추진 경위)과 부지 확보 현황
3. 멸실신고서 또는 철거 계약서·현장 사진
4. 혼합 사업이면 연면적 비율 산정표

체크리스트

1. 잔금일 전에 주택건설사업자 등록 또는 주택신축판매업 사업자등록을 마쳤습니까
2. 내 사업자 유형의 멸실·신축·판매 기한을 취득일별로 적어 두었습니까
3. 세입자가 있는 주택은 명도 일정이 기한 안에 들어옵니까
4. 상가를 함께 짓는다면 주택 연면적 비율이 50% 이상입니까
5. 사업을 중간에 넘길 가능성이 있다면 예외가 깨지는 경우를 계산했습니까
6. 이미 12%로 낸 주택이 있다면 5년 마감이 언제입니까

자주 묻는 질문

Q1. 사업부지 안 주택을 신탁회사 명의로 취득하면 어떻게 됩니까?

중과 판단은 취득자 기준이고 신탁 구조에서는 납세의무자 판단이 따로 필요합니다. 신탁 구조의 납세의무는 신탁으로 사업하면 세금은 누가 냅니까에 정리했습니다. 계약 전에 취득 주체와 등록 주체가 같은지부터 확인하십시오.

Q2. 철거 전까지 보유하는 동안 종합부동산세도 나옵니까?

「종합부동산세법 시행령」 제4조 제1항 제21호는 주택건설사업을 위해 멸실 목적으로 취득해 3년 이내 멸실하는 주택을 합산배제 대상으로 둡니다. 9월 합산배제 신고를 해야 하고, 3년 안에 멸실하지 못하면 종부세 쪽에서도 다툼이 생깁니다(조심 2025서1911 참조).

Q3. 법인 설립 5년이 안 됐는데 대도시 중과도 겹칩니까?

대도시 중과는 별도 조문입니다. 주택건설사업은 중과 제외 업종으로 다뤄지는 경우가 많지만 요건이 따로 있습니다. 구조는 대도시 중과 취득세에 있습니다.

Q4. 1억원 이하 오래된 주택도 신경 써야 합니까?

수도권 시가표준액 1억원 이하(수도권 밖 2억원 이하) 주택은 같은 조 제1호로 중과에서 빠집니다. 다만 정비구역 안의 주택은 이 저가 예외가 적용되지 않으므로 제8호 요건을 따로 챙겨야 합니다.

정리

• 법인의 주택 취득은 원칙 12%, 주택건설사업용 멸실 목적 주택은 중과 예외입니다
• 예외는 사업자 유형별 멸실·신축·판매 기한이 붙은 조건부입니다
• 멸실 후 처분하거나 다른 용도로 쓰면 예외가 깨진다는 것이 행정안전부 해석입니다
• 세입자 명도 지연은 정당한 사유로 잘 인정되지 않습니다
• 12%로 이미 냈다면 취득일 + 60일 + 5년 안에 경정청구합니다

주택 세율 전체 구조는 주택 취득세 8%와 12%에, 지방세 환급 절차는 지방세를 돌려받는 두 갈래에 있습니다. 지수회계법인 부동산세무본부는 사업부지 매입 일정표와 등록 시점을 함께 놓고 중과 예외 요건을 점검해 드립니다.

본 글은 2026년 10월 7일 기준 「지방세법」 제11조·제13조의2·제20조, 같은 법 시행령 제28조의2, 같은 법 시행규칙 제7조의2, 「지방세기본법」 제50조, 「종합부동산세법 시행령」 제4조 원문과 행정안전부 부동산세제과-4052(2022. 12. 12.), 조심 2021지2874·2024지0049·2025지1540·2025지0178·2025서1911 결정을 확인해 작성했습니다. 실제 적용은 개별 사실관계에 따라 달라집니다.