법인이 부동산을 팔 때 — 양도소득세가 아니라 추가과세입니다

“법인 명의로 사 두면 세금이 유리하다고 들었습니다.”

살 때는 그런 면이 있습니다. 취득 관련 비용을 손금으로 털고, 이자를 비용으로 인정받고, 감가상각을 잡습니다. 문제는 팔 때입니다.

법인이 부동산을 팔면 양도소득세를 내지 않습니다. 대신 처분이익이 각 사업연도 소득에 들어가 법인세로 과세되고, 그 위에 한 번 더 냅니다. 「법인세법」 제55조의2의 토지등 양도소득에 대한 과세특례입니다.

1. “추가하여 납부한다”는 문장

조문의 첫 문단이 구조를 그대로 말합니다.

내국법인이 … 토지등을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

즉 두 번 셉니다.

1. 처분이익이 포함된 각 사업연도 소득 → 일반 법인세율
2. 그와 별도로 토지등 양도소득 × 추가 세율

개인의 양도소득세는 다른 소득과 분리해 한 번 계산하지만, 법인은 합산 과세와 추가 과세가 겹칩니다.

2. 추가 세율 — 네 줄

하나의 자산이 둘 이상에 해당하면 그중 가장 높은 세액을 적용합니다.

별장은 “주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 않고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물”입니다. 다만 읍·면에 있으면서 대통령령이 정하는 범위·기준에 해당하는 농어촌주택은 제외됩니다.

3. 차익을 재는 자가 다릅니다

여기가 실제 세부담에서 가장 크게 벌어지는 지점인데, 잘 알려져 있지 않습니다.

제55조의2 제6항입니다.

토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.

개인의 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺍니다. 법인은 장부가액을 뺍니다. 그리고 장부가액은 그동안 감가상각을 한 만큼 줄어 있습니다.

건물을 20억원에 사서 매년 감가상각을 잡아 장부가액이 12억원이 되었다면, 25억원에 팔 때

• 개인 기준 차익 개념: 25억 − 취득가액 20억 = 5억
• 법인 토지등 양도소득: 25억 − 장부가액 12억 = 13억

개인이 취득가액과 필요경비를 어떻게 입증하는지는 양도소득세는 세율표가 아니라 취득가액에서 갈립니다에서 다룹니다. 법인은 그 대신 장부가액을 쓰므로 추가과세의 모수가 두 배 이상이 됩니다. 감가상각으로 매년 아꼈던 법인세가 처분 시점에 되돌아오는 구조입니다.

여기에 하나 더. 법인에는 장기보유특별공제도, 양도소득 기본공제도 없습니다. 20년을 보유해도 공제되는 금액이 없습니다. 개인이 받는 공제의 구조는 장기보유특별공제 — 표가 두 개인 이유에서 다룹니다.

4. 비사업용 토지 — 재산세 분류가 그대로 들어옵니다

추가과세 10%가 걸리는 “비사업용 토지”의 판정은 제55조의2 제2항이 정합니다. 농지·임야·목장용지에 각각의 기준이 있고, 그 밖의 토지는 제외 목록으로 정의됩니다(제4호).

제외되는 것 중 하나가 결정적입니다.

나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

즉 재산세에서 별도합산이나 분리과세로 분류되는 토지는 비사업용에서 빠집니다. 반대로 종합합산으로 떨어진 나대지는 비사업용 토지가 되어 추가과세 10%를 맞습니다.

매년 내는 재산세의 분류가 처분 시점의 법인세를 결정합니다. 별도합산이 무너지는 순간 두 세목이 함께 나빠지는 구조입니다. 재산세 3분류는 옆 필지는 재산세가 절반에서 다룹니다.

이 밖에 제외되는 것으로는 재산세가 비과세·면제되는 토지, 주택 부속토지 중 지역별 배율 이내의 면적, 그리고 “법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지”로서 대통령령이 정하는 것이 있습니다.

제3항은 완화 규정도 둡니다 — 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖의 부득이한 사유가 있어 비사업용이 된 경우에는 비사업용으로 보지 않을 수 있습니다. 인허가가 막혀 놀린 땅이라면 이 조항을 검토해야 합니다.

5. 추가과세를 적용하지 않는 경우

제4항이 세 가지를 정합니다. 다만 미등기 토지등에는 이 예외가 적용되지 않습니다.

1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 발생하는 소득
2. 법인이 직접 경작하던 농지의 교환 또는 분할·통합으로 발생하는 소득(대통령령 요건)
3. 「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

6. 그래서 명의를 어떻게 정할 것인가

법인 명의와 개인 명의를 비교할 때 흔히 취득 단계만 봅니다. 보유와 처분까지 늘어놓아야 판단이 됩니다.

마지막 줄이 자주 빠집니다. 법인이 부동산을 팔아 남긴 돈은 법인의 돈입니다. 대표님 개인 자금으로 만들려면 배당이나 급여로 꺼내야 하고 그때 다시 과세됩니다. 처분 세금이 두 번이 아니라 세 번인 셈입니다.

반대로 법인이 유리해지는 경우도 분명히 있습니다 — 사업용으로 실제 사용하는 부동산이라 별도합산·분리과세로 분류되고, 매각 계획 없이 장기 보유하며, 이자와 감가상각을 계속 활용하는 구조라면 그렇습니다. 결론이 하나가 아니라, 그 부동산을 어떻게 쓸 것인지가 결론을 정합니다.

처분 전 체크리스트

1. 그 부동산이 주택·별장입니까 — 20%입니다
2. 토지라면 재산세가 별도합산·분리과세로 잡히고 있습니까
3. 종합합산이라면 비사업용 판정을 뒤집을 사유가 있습니까(사용 금지 등)
4. 현재 장부가액이 얼마입니까 — 감가상각 누계액을 확인하십시오
5. 등기가 되어 있습니까 — 미등기는 40%입니다
6. 처분 대금을 개인 자금으로 옮길 계획이 있습니까 — 그 세금까지 세셨습니까
7. 같은 사업연도에 다른 손실과 통산할 여지가 있습니까

자주 묻는 질문

Q1. 법인이 손해를 보고 팔면 추가과세도 없습니까?

토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액을 뺀 금액이므로, 그 값이 음수라면 추가과세 대상 소득이 없습니다. 다만 감가상각으로 장부가액이 낮아져 있으면 실제로는 손해인데 세법상 이익이 나는 경우가 생깁니다. 취득가와 비교하지 말고 장부가액과 비교하셔야 합니다.

Q2. 사업용으로 쓰던 공장을 팔면 추가과세가 없습니까?

공장용지는 재산세에서 분리과세 또는 별도합산 대상이 되는 경우가 많아 비사업용 토지에서 제외될 여지가 큽니다. 다만 가동을 멈추고 방치한 기간이 있으면 판정이 달라질 수 있습니다. 조문이 “토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안” 해당하는 토지를 비사업용으로 보므로, 처분 직전 상태만이 아니라 보유 기간 전체를 봅니다.

Q3. 법인을 청산하면서 부동산을 대표에게 넘기면 어떻게 됩니까?

법인이 자산을 대표에게 넘기는 것은 시가에 의한 양도로 보고, 시가와 대가의 차이는 부당행위계산부인과 상여 처분 문제로 이어집니다. 추가과세는 그대로 적용되고, 개인 쪽에서 소득세가 별도로 발생합니다. 청산 단계에서 가장 비싸게 처리되는 방식 중 하나이므로 사전 설계가 필요합니다.

Q4. 개인 명의로 옮겨 두면 되지 않습니까?

법인에서 개인으로 옮기는 것 자체가 양도이므로 그 시점에 추가과세와 취득세가 함께 발생합니다. 옮기는 비용이 나중에 아낄 세금보다 큰 경우가 대부분입니다. 명의는 취득 전에 정해야 하는 문제이고, 이미 보유 중이라면 옮기는 것보다 용도를 사업용으로 정리해 비사업용 판정을 피하는 쪽이 실익이 큽니다.

정리

법인의 부동산 처분은 양도소득세가 아니라 법인세 + 추가과세입니다.

• 주택·별장 20%, 비사업용 토지 10%, 미등기 40%
• 둘 이상 해당하면 가장 높은 세액을 적용합니다
• 차익은 취득가액이 아니라 양도 당시 장부가액으로 잽니다 — 감가상각한 만큼 커집니다
• 장기보유특별공제도 기본공제도 없습니다
• 비사업용 판정은 재산세 별도합산·분리과세 여부를 그대로 가져옵니다
• 파산·농지 교환·환지처분은 제외되지만 미등기에는 예외가 없습니다
• 처분 대금을 개인 자금으로 꺼낼 때 한 번 더 과세됩니다

지수회계법인 자산세무본부는 법인 보유 부동산의 장부가액과 재산세 과세대상 구분을 함께 열어, 처분 시점의 총부담을 개인 명의 가정과 나란히 계산해 드립니다. 업무 범위는 부동산양도 세무에 있습니다.

본 글은 2026년 10월 3일 확인한 「법인세법」(2026. 7. 1. 시행) 제55조의2와 「지방세법」 제106조 조문을 기준으로 작성했습니다. 비사업용 토지의 세부 판정 기준과 기간 요건은 같은 법 시행령에 있고 개정이 있으므로 처분 시점의 규정으로 확인해야 합니다. 실제 적용은 개별 사실관계에 따라 달라지므로 의사결정 전 개별 검토를 받으시기 바랍니다.