장기보유특별공제 — 표가 두 개인 이유

“20년 가지고 있었으니 공제를 많이 받겠지요?”

받으실 수도 있고, 절반만 받으실 수도 있습니다. 20년을 가지고만 있었는지, 그 안에서 살기도 했는지에 따라 갈립니다.

「소득세법」 제95조 제2항은 장기보유특별공제의 표를 두 개 두고 있습니다. 같은 20년이 어느 표로 가느냐에 따라 공제율이 30%가 되기도 하고 80%가 되기도 합니다. 양도차익이 10억원이면 5억원의 차이입니다.

1. 표 1 — 모든 부동산의 기본

토지·건물 등에 적용되는 일반 공제입니다. 3년 이상 보유해야 시작되고, 1년마다 2%포인트씩 올라 15년에 30%에서 멈춥니다.

3년 미만이면 0% 입니다. 계약 시점을 며칠 조정해 3년을 채우는 것만으로 6%가 생깁니다.

2. 표 2 — 1세대 1주택만의 두 줄

“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 해당하면 표 2를 씁니다. 표 2는 칸이 두 줄입니다 — 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 계산해 합산합니다.

두 칸이 모두 차면 80% 입니다. 보유는 20년이지만 거주한 적이 없다면 40%에서 멈춥니다. 표 1의 30%보다는 낫지만 80%와는 거리가 멉니다.

거주 칸의 첫 줄만 예외적으로 다릅니다 — 2년 이상 3년 미만은 8%, 그것도 보유기간이 3년 이상일 때만 인정됩니다. 3년부터는 보유와 같은 율입니다.

3. 표 2는 12억 초과 고가주택에서 실제로 쓰입니다

여기서 순서를 정확히 잡아야 합니다.

1세대 1주택 요건을 갖추고 양도가액이 12억원 이하라면 애초에 비과세이므로 공제를 따질 필요가 없습니다. 표 2가 실제로 힘을 발휘하는 것은 12억원을 넘어 과세로 넘어간 부분입니다.

즉 표 2는 “비과세를 못 받은 고가주택의 완충장치”에 가깝습니다. 그리고 그 완충의 크기가 거주 여부로 절반이 갈립니다.

4. 보유기간을 어디서부터 세는가 — 세 가지 예외

원칙은 취득일부터 양도일까지입니다(제95조 제4항). 그런데 단서에 두 가지 예외가 붙어 있고, 하나는 실무에서 결정적입니다.

이월과세가 적용되는 경우. 배우자나 직계존비속에게서 증여받은 자산을 일정 기간 안에 양도해 「소득세법」 제97조의2 제1항의 이월과세가 적용되면, 보유기간은 증여한 배우자 또는 직계존비속이 그 자산을 취득한 날부터 기산합니다.

이것은 납세자에게 유리하게 작동합니다. 취득가액을 증여자의 것으로 끌어오는 대신, 보유기간도 함께 끌어옵니다. 증여받은 지 1년밖에 안 된 자산이라도 증여자가 20년 보유했다면 20년으로 셉니다.

가업상속공제가 적용된 경우. 그 적용 비율에 해당하는 자산은 피상속인이 취득한 날부터 기산합니다.

멸실 후 재건축. 1세대 1주택 판정에서의 기간 통산(「소득세법 시행령」 제154조 제8항)과 함께 봐야 합니다.

5. 상가를 주택으로 바꿨다면 — 40% 한도가 걸립니다

제95조 제5항은 별도의 계산식을 둡니다. 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상 용도를 주택으로 변경한 경우입니다.

보유기간별 공제율 = 주택이 아닌 건물로 보유한 기간에 해당하는 표 1의 공제율 + 주택으로 보유한 기간에 해당하는 표 2의 공제율 다만 그 합이 100분의 40보다 크면 40%로 한다.

거주기간별 공제율 = 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간에 해당하는 표 2의 거주기간별 공제율

두 가지를 눌러야 합니다.

첫째, 40% 한도. 상가로 오래 보유하고 주택으로 오래 보유해도 보유 부분은 40%를 넘지 못합니다. 원래 표 2의 보유 칸 상한과 같은 값이라 손해처럼 보이지 않지만, 표 1 기간이 아무리 길어도 더해서 40%가 끝이라는 뜻입니다.

둘째, 기산일. 주택으로 보유한 기간은 사실상 주거용으로 사용한 날부터 셉니다. 그날이 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 변경한 날부터 셉니다(제95조 제6항). 실제로 언제부터 살았는지를 증명할 수 있는지가 그대로 공제율이 됩니다.

임대차계약서, 전입신고 이력, 공과금 명의와 사용량이 그 증명입니다. 바꾸고 나서 만드는 것이 아니라, 바꿀 때 함께 남겨 두어야 합니다.

6. 공제가 아예 없는 자산

제95조 제2항 괄호가 제외 대상을 정합니다.

• 미등기양도자산(제104조 제3항)
• 제104조 제7항 각 호에 따른 자산

미등기 양도는 공제만 없는 것이 아니라 세율도 최고 구간이 적용됩니다. 등기를 미루고 파는 구조는 어떤 계산으로도 유리해지지 않습니다.

조합원입주권은 공제 대상이지만 범위가 좁습니다 — 관리처분계획 인가 전의 토지분 또는 건물분 양도차익으로 한정되고, 조합원으로부터 취득한 것은 제외됩니다.

계약 전 체크리스트

1. 보유기간이 3년을 넘었습니까 — 못 넘으면 공제가 0입니다
2. 1세대 1주택 요건을 충족해 표 2를 쓸 수 있습니까
3. 거주한 기간이 주민등록으로 몇 년 확인됩니까
4. 증여받은 자산이라면 이월과세로 기산일이 앞당겨지는지 확인하셨습니까
5. 용도변경한 건물이라면 사실상 주거 사용 개시일을 증명할 수 있습니까
6. 등기를 마쳤습니까

자주 묻는 질문

Q1. 보유 9년 11개월인데 한 달을 기다리면 이득입니까?

표 2 기준으로 보유 공제율이 36%에서 40%로 올라갑니다. 양도차익이 10억원이면 공제액이 4천만원 늘어납니다. 한 달을 기다릴 값이 충분히 있습니다. 표 1이라도 1년마다 2%포인트이므로 같은 판단을 해야 합니다.

Q2. 거주는 했는데 주민등록을 옮기지 않았습니다.

거주기간 판정은 원칙적으로 주민등록상 전입~전출로 봅니다(시행령 제154조 제6항). 다른 증빙으로 다투는 것이 불가능하지는 않지만, 입증 부담이 납세자에게 있고 결과가 불확실합니다. 지금이라도 전입신고를 정리해 두는 편이 낫습니다.

Q3. 두 채를 가진 기간이 중간에 있었습니다. 그 기간도 세어집니까?

장기보유특별공제의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지이므로 다른 주택 보유 여부와 무관하게 셉니다. 다만 표 2를 쓸 수 있는지(=1세대 1주택 요건)는 양도일 현재 상태로 판단하므로, 다주택 기간이 있었다는 사실 자체가 표 선택을 막지는 않습니다.

Q4. 상속받은 부동산은 언제부터 셉니까?

원칙은 상속개시일입니다. 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산만 피상속인의 취득일부터 기산합니다. 증여의 이월과세와 상속은 기산 규칙이 다르다는 점을 구분하셔야 합니다.

정리

장기보유특별공제는 표를 고르는 문제입니다.

• 표 1은 3년 6% → 15년 30%, 3년 미만은 0입니다
• 표 2는 보유 최대 40% + 거주 최대 40% = 80% 입니다
• 거주하지 않은 1세대 1주택은 40%에서 멈춥니다
• 표 2가 실제로 쓰이는 자리는 12억 초과 고가주택입니다
• 이월과세가 걸리면 보유기간을 증여자 취득일부터 셉니다
• 용도변경한 건물은 보유 공제가 40% 한도이고, 기산은 사실상 주거 사용일부터입니다
• 미등기 양도는 공제가 없습니다

지수회계법인 자산세무본부는 등기부·주민등록·증여 이력을 함께 놓고 기산일을 확정한 뒤, 표 1과 표 2를 모두 계산해 실제 양도소득세를 비교해 드립니다. 업무 범위는 양도세 시뮬레이션에 있습니다.

본 글은 2026년 9월 29일 기준 「소득세법」(2026. 1. 1. 시행)과 같은 법 시행령(2026. 7. 1. 시행) 조문을 확인해 작성했습니다. 실제 적용은 개별 사실관계에 따라 달라지므로 의사결정 전 개별 검토를 받으시기 바랍니다.