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“아직 아파트가 지어지지도 않았는데 주택 수에 들어간다고요?”
들어갑니다. 그리고 이 한 줄 때문에 1세대 1주택 비과세를 놓치고 양도소득세를 그대로 무는 경우가 실무에서 가장 많습니다.
「소득세법」 제89조 제2항입니다.
1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다.
제1항 제3호가 1세대 1주택 비과세입니다. 즉 집 한 채 + 입주권 하나를 갖고 있다가 그 집을 팔면, 원칙적으로 비과세가 아닙니다.
1. 예외는 좁습니다
같은 항 단서입니다.
다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
사업 시행기간 중 살 곳이 필요해 산 집, 이른바 대체주택이 대표적인 예외입니다. 그 밖의 사유는 시행령이 정하고, 취득 시기·보유 기간·처분 기한 등 세부 요건이 붙습니다.
여기서 실무의 함정이 나옵니다. 예외에 해당하려면 그 주택을 산 목적과 시기가 요건에 맞아야 하는데, 대부분은 그냥 좋은 매물이 나와서 삽니다. 사고 나서 예외를 찾으면 대체로 없습니다.
2. 입주권 자체를 팔 때는 비과세가 될 수 있습니다
주택이 아니라 입주권을 파는 경우는 별도의 조문이 있습니다. 제89조 제1항 제4호입니다.
조합원입주권을 1개 보유한 1세대[관리처분계획의 인가일 및 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 … 양도소득 가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것
읽어야 할 대목이 셋입니다.
첫째, 원래 비과세 요건을 갖춘 집이었어야 합니다. 괄호가 “관리처분계획 인가일 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대”라고 못을 박습니다. 인가 시점에 1세대 1주택 비과세 요건(보유 2년, 조정대상지역이면 거주 2년)을 갖춘 상태였어야 한다는 뜻입니다. 입주권이 된 뒤에는 그 요건을 다시 채울 수 없습니다.
둘째, 조합원으로부터 산 입주권은 대상이 아닙니다. 승계조합원은 이 비과세를 받지 못합니다.
셋째, 새 집을 샀다면 3년입니다. 입주권을 갖고 있으면서 다른 주택을 취득했다면, 그 주택 취득일부터 3년 이내에 입주권을 팔아야 합니다. 3년 안에 팔지 못하는 부득이한 사유는 시행령이 따로 정합니다.
그리고 양도가액 12억원을 초과하면 과세됩니다. 제4호 단서가 명시합니다.
3. 분양권은 더 좁습니다
분양권에는 제4호 같은 비과세 규정이 없습니다. 분양권 양도는 원칙적으로 과세이고, 세율도 별도 구간이 적용됩니다.
분양권이 하는 일은 두 가지입니다.
- 주택 수에 들어가 다른 주택의 비과세를 막습니다(제89조 제2항)
- 입주권 비과세 요건에서 “분양권을 보유하지 아니할 것” 이라는 조건으로 등장합니다(제1항 제4호 가목·나목)
즉 분양권은 가지고 있는 것만으로 다른 자산의 비과세를 깨는 자산입니다. 특히 나목은 “분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정”하므로, 입주권 + 주택 + 분양권 조합이면 3년 특례조차 못 씁니다.
4. 장기보유특별공제도 범위가 좁습니다
입주권은 장기보유특별공제 대상이지만 범위가 제한됩니다. 「소득세법」 제95조 제2항이 정합니다.
제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획 인가 및 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정)에 … 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액
즉 인가 전 단계까지의 양도차익에만 공제가 붙습니다. 인가 후에 오른 부분은 공제 없이 과세됩니다. 그리고 승계조합원은 아예 제외입니다.
5. 언제 무엇으로 바뀌는지가 전부입니다
정리하면 시점이 세 번 있습니다.
| 시점 | 그 전 | 그 후 |
|---|---|---|
| 관리처분계획 인가일(또는 기존주택 철거일) | 주택 | 조합원입주권 |
| 준공·사용승인 | 입주권 | 주택 |
| 분양계약 | — | 분양권(주택 수 포함) |
첫 번째 시점이 결정적입니다. 그날 현재 비과세 요건을 갖춘 주택이었는지가 나중에 입주권을 팔 때의 비과세를 정하기 때문입니다. 인가일이 다가오면 보유·거주 요건을 먼저 확인해야 합니다.
처분 계획 전 체크리스트
- 세대가 보유한 것을 주택·입주권·분양권으로 나눠 세어 보셨습니까
- 집을 팔 계획인데 입주권이나 분양권이 함께 있습니까 — 비과세가 막힙니다
- 대체주택 예외에 해당합니까 — 취득 목적과 시기가 요건에 맞습니까
- 입주권을 판다면 관리처분계획 인가일 현재 비과세 요건을 갖춘 주택이었습니까
- 승계조합원입니까 — 그렇다면 비과세도 장기보유공제도 없습니다
- 다른 주택을 샀다면 취득일부터 3년이 남아 있습니까
- 분양권을 함께 보유하고 있지 않습니까 — 3년 특례가 막힙니다
- 입주권 양도가액이 12억원을 넘습니까
자주 묻는 질문
Q1. 분양권도 주택 수에 항상 들어갑니까?
제89조 제2항은 주택과 함께 보유한 상태에서 그 주택을 양도할 때 비과세를 배제합니다. 다만 취득 시기에 따른 경과 규정이 있으므로 분양계약 시점을 확인해야 합니다. 지방세(취득세)의 주택 수 판정과도 기준이 다르니 세목별로 따로 세셔야 합니다.
Q2. 입주권을 팔지 않고 준공까지 기다리면 어떻게 됩니까?
준공되면 다시 주택이 됩니다. 그때부터는 1세대 1주택 비과세의 일반 규정으로 판단하는데, 보유기간 기산 등에서 별도 규정이 적용되므로 단순히 새로 산 집과 같지 않습니다. 기다리는 것이 유리한지는 다른 주택 보유 상황과 함께 계산해야 합니다.
Q3. 대체주택은 언제 사야 예외가 됩니까?
조문은 “시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우”라고 쓰고, 구체적 요건은 시행령에 있습니다. 사업시행인가 이후 취득, 일정 기간 이상 거주, 완공 후 일정 기간 내 전입과 종전 주택 처분 등이 붙습니다. 사기 전에 요건을 확인해야 하고, 요건은 개정이 잦습니다.
Q4. 부모님 입주권을 증여받으면 어떻게 됩니까?
증여로 취득한 입주권은 조합원으로부터 취득한 것에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제 적용이 갈릴 수 있고, 10년 안에 팔면 이월과세가 걸립니다. 증여·이월과세·입주권 규정이 한꺼번에 겹치는 자리라 반드시 사전 계산이 필요합니다.
정리
입주권과 분양권은 집이 아니면서 집처럼 세어지는 자산입니다.
- 주택 + 입주권·분양권을 보유한 상태에서 주택을 팔면 비과세가 배제됩니다
- 예외는 정비사업 시행기간 중 거주를 위한 대체주택 등으로 좁습니다
- 입주권 양도 비과세는 관리처분계획 인가일 현재 비과세 요건을 갖춘 주택이었어야 합니다
- 승계조합원은 비과세도 장기보유공제도 받지 못합니다
- 다른 주택을 샀다면 취득일부터 3년 안에 입주권을 팔아야 합니다
- 분양권을 함께 보유하면 그 3년 특례조차 막힙니다
- 입주권 장기보유공제는 인가 전 양도차익에만 붙습니다
지수회계법인 자산세무본부는 세대의 주택·입주권·분양권을 시점별로 정리해 어느 순서로 처분해야 비과세가 살아남는지 계산해 드립니다. 업무 범위는 부동산양도 세무와 양도세 시뮬레이션에 있습니다.
본 글은 2026년 10월 5일 기준 「소득세법」(2026. 1. 1. 시행) 제89조·제95조 조문을 확인해 작성했습니다. 대체주택 특례와 3년 요건의 부득이한 사유는 같은 법 시행령에 있고 개정이 잦으므로 양도 시점의 규정으로 확인해야 합니다. 실제 적용은 개별 사실관계에 따라 달라지므로 의사결정 전 개별 검토를 받으시기 바랍니다.